Der Donau-Auwald hat durch seine großflächige Ausdehnung in Verbindung mit seiner großen und naturnahen Strukturvielfalt eine besondere überregionale Bedeutung für den Artenschutz. Er gilt deswegen auch als national bedeutsame Biotopverbundachse. Daher wurde er als ein „Natura 2000-Gebiet“ ausgewiesen und ein entsprechender Managementplan zur Berücksichtigung naturschutzfachlicher Aspekte bei seiner Bewirtschaftung erstellt.
Landkreis Neu-Ulm